Очень часто (особенно, если на сервере установлена панель управления вроде ISPManager) при добавлении первого сайта для него устанавливается основной IP-адрес. В итоге сайт доступен не только по своему адресу, но и по IP-адресу сервера.

Для того чтобы в nginx запретить открытие сайта по IP-адресу  — достаточно в конфигурационном файле (как правило это /etc/nginx/nginx.conf) добавить новую секцию server, которая и будет обрабатывать такие запросы. Разумеется, добавлять её нужно строго перед всеми остальными секциями «server {…}»:

server {
listen 192.168.0.123:80 default_server;
server_name _;
return 444;

#### только если нужна "заглушка" для ssl
listen 192.168.0.123:443 default_server ssl;
ssl_certificate /path/fullchain.pem;
ssl_certificate_key /path/privkey.pem;
#### то добавляем это!
}

192.168.0.123 — это ваш IP адрес на котором размещен сайт. Его нужно заменить на актуальный.

/path/fullchain.pem — путь к ssl-сертификату используемому для вашего IP.
/path/privkey.pem — приватный ключ сертификата.

После этого останется только перезагрузить nginx.