В Linux (Debian, Ubuntu, CentOS  и т.д)  для этого есть несколько универсальных утилит. 

Основная утилита для анализа места на диске — это само собой df.

Самый распространенный вариант применения: 

df -h 

он показывает общее место на каждом из подмонтированных дисков (Столбец «Size»), занятое место в мегабайтах/гигабайтах и процентах (столбцы «Used» и «Use%») а также сколько осталось свободного места (Столбец «Avail»)

[root@server ~]# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda3       58G  6,3G   48G  12% /
tmpfs           2,0G     0  2,0G   0% /dev/shm
/dev/xvda1      194M  117M   68M  64% /boot

Второй очень важный вариант использования:

df -i

аргумент «-i» указывает на необходимость вывода статистики по Inode («инодам»). Проще говоря, сколько всего файлов и папок можно создать на диске (Inodes), сколько уже создано (IUsed, IUse%), сколько ещё можно создать (IFree):

[root@server ~]# df -i
Filesystem      Inodes  IUsed   IFree IUse% Mounted on
/dev/xvda3     3726848 309625 3417223    9% /
tmpfs           181859      1  181858    1% /dev/shm
/dev/xvda1       51200     62   51138    1% /boot

Ещё 

Как узнать, какая папка занимает больше всего места? 

Для этого можно задействовать утилиту ncdu для разбора вопроса с местом по отдельным папкам.

Ещё вариант сделать то же самое вручную (получить список всех подпапок начиная от текущего положения отсортированных по убыванию их объёма в мегабайтах): 

du -shm *| sort -nr

то же самое, но без сортировки. В некоторых случаях бывает удобнее: 

du -sh *| sort -nr