Если нужно запретить прямые обращения к сайту по IP-адресу сервера, то в конфигурационном файле Apache перед всеми секциями «VirtualHost» нужно добавить новую:

<VirtualHost *:80>
ServerName catchall
<Location />
Order allow,deny
Deny from all
</Location>
</VirtualHost>

И перезапустить апач
Все, после этого прямые обращения к IP-адресу будут возвращать ошибку 403.