Самый простой способ удалить всё содержимое файла (очистить его) — скопировать в него «содержимое» файла /dev/null (/dev/null в *nix — синоним пустоты. Всё что копируется в него — пропадает, всё что копируется из него — является пустотой).
Сделать это можно выполнив:
cp /dev/null file.ext
, где file.ext — имя очищаемого файла.