Конфигурационный файл апача обычно имеет вот такое месторасположение: 

• /etc/apache2/apache2.conf  для Debian, Ubuntu и основанных на них ОС
• /etc/httpd/conf/httpd.conf для RHEL-подобных — CentOS, Fedora.

Подключившись к серверу по SSH выполните в консоли нужную Вам команду:

• Перезагрузка Apache

service apache2 restart

service httpd restart

• Запуск Apache

service apache2 start

service httpd start

• Остановка Apache

service apache2 stop

service httpd stop